A doença é caracterizada por períodos de atividade e remissão dos sintomas e pode apresentar uma gama muito variada de queixas clínicas. As mais comuns são lesões na pele e mucosas, dores nas articulações e fadiga. Os sinais clínicos externos incluem lesões na mucosa da boca e da faringe, especialmente aftas e importante queda de cabelos (alopécia). Além destas pode ocorrer uma intensa sensibilidade ao sol e a formação de uma típica lesão na pele semelhante à asa de uma borboleta nas bochechas e no dorso do nariz (rash malar). Nas articulações a auto-agressão pode causar dor e inflamações migratórias em punhos, cotovelos, ombros e dedos das mãos.
Embora tenha algumas características semelhantes à artrite reumatóide, não tem o mesmo caráter deformante. Os quadros de maior gravidade são os que têm comprometimento dos rins e do cérebro. Nos rins, o depósito dos complexos imunes pode dar origem à nefrite lúpica, que nem sempre produz sintomas, mas pode ser severa e em alguns casos até necessitar de diálise.
O inchaço nos membros inferiores, as alterações urinárias e a elevação da pressão arterial são manifestações da gravidade dessa inflamação renal. Já os sinais neurológicos são variados e abrangem desde dor de cabeça persistente, dormências, movimentos involuntários de membros do corpo, até convulsões. Pode apresentar ainda distúrbios do humor e comportamento, tais como depressão e psicose.
O coração também pode ser afetado por inflamação da membrana que o envolve, a pericardite, ou de seu músculo, a miocardite, provocando palpitações, falta de ar e dor no peito, entre outros sinais. No pulmão, costuma ocorrer manifestação semelhante, com um processo inflamatório que acomete a pleura, o tecido que recobre a superfície desse órgão, determinando dor e respiração difícil.
Por sua vez, os vasos sangüíneos tendem a apresentar inflamações e a formar coágulos, pode formar manchas pelo corpo, além de apresentar maior risco para trombose e embolia pulmonar.
Por fim, as próprias células do sangue, como glóbulos vermelhos, brancos e plaquetas podem ser lesados e apresentarem respectivamente, anemia, maior facilidade para contrair infecções e risco de hemorragias.
Não se conhecem as causas dos chamados processos auto-imunes, nos quais o sistema imunológico se volta contra constituintes do próprio corpo. Sabe-se, contudo, que o lúpus eritematoso sistêmico conta com o envolvimento de fatores genéticos, hormonais, emocionais e ambientais em sua origem. Ou seja, a pessoa já nasce mais suscetível a desenvolver essa doença e o contato com um mecanismo de gatilho – seja uma infecção ou a exposição ao sol ou a agentes químicos – pode ser suficiente para deflagar a doença.
Existe também a possibilidade de associação dessa doença a alguns medicamentos. Vale ressaltar que o lúpus não é uma doença maligna, nem contagiosa e não tem transmissão materna obrigatória para o bebê durante a gravidez. No entanto, os quadros de abortos não são raros nas mulheres lúpicas.