- Este exame é aplicável para o diagnóstico de infecções causadas por micobactérias, podendo ser realizado em diversos materiais clínicos.

- Algumas materiais clínicos são coletados exclusivamente por médico, havendo necessidade de agendamento prévio:
-- raspado de córnea.
-- lavado brônquico ou bronco-alveolar.
-- líquor.
-- amostra obtida por punção guiada por ultrassom.

Escarro:
- É necessário retirar previamente, em uma das unidades de atendimento, as instruções e o kit para a coleta de escarro, que deve ser feita em casa, preferencialmente pela manhã, antes do desjejum.

Urina:
- É preciso retirar, em uma das unidades de atendimento, o frasco apropriado para coleta. O exame NÃO é realizado em amostra de urina de 24 horas.

Lavado gástrico:
- A cultura para micobactérias em lavado gástrico é realizada em material coletado pelo médico assistente ou coletado no Fleury. A coleta no Fleury é realizada nas unidades que possuem Vila da Saúde.
- Para colher o material fora do Fleury, é necessário retirar previamente o kit de coleta no Fleury (frasco contendo carbonato de sódio).

- Enviar o material para a Seção de Microbiologia em saco plástico tipo Zip.

Estabilidade da amostra:
Temperatura ambiente: 1 hora.
Refrigerado (2-8 °C): 72 horas.

- Cultura em meio de Lowenstein-Jensen e sistema automatizado BACTEC 960 (caldo MGIT).

- Cultura negativa.

- A cultura é considerada o padrão ouro para o diagnóstico de infecções causadas por espécies do gênero Mycobacterium, uma vez que apresenta sensibilidade superior à da microscopia direta após coloração de Ziehl-Neelsen e à da pesquisa do DNA (PCR para M. tuberculosis).
O Fleury utiliza um meio sólido e um meio líquido em todos os materiais clínicos, exceto em sangue e medula óssea, para os quais emprega o meio Myco/F Lytic e o sistema Bactec. O uso do sistema automatizado MGIT 960 para incubação do meio líquido permite a detecção das amostras positivas com maior precocidade (de 7 a 14 dias), mas o prazo final para a liberação das culturas negativas permanece o de 45 dias.
A detecção do DNA tem a vantagem da rapidez, mas tem sensibilidade inferior àquela da cultura específica. A detecção rápida do DNA de Mycobacterium tuberculosis, e avaliação simultânea de sensibilidade à rifampicina, utilizando o sistema GeneXpert, pode ser feita mediante solicitação específica.
A cultura tem a vantagem de detectar todas as espécies de Mycobacterium, exceto M. leprae.
Em caso de cultura positiva, o exame inclui a identificação rápida e precisa da espécie por sequenciamento parcial do gene hsp65 e/ou rpoB.
A detecção de micobactéria não pertencente ao Complexo M.tuberculosis (MNT) em material do trato respiratório não pode ser utilizada como o único critério para diagnóstico de micobacteriose pulmonar.
Um aspecto importante é que o crescimento de MNT em cultura pode prejudicar a detecção de M. tuberculosis. Por esse motivo, a PCR específica para o Complexo M. tuberculosis, realizada diretamente da amostra clínica, deve ser parte da investigação laboratorial.
A American Thoracic Society recomenda a utilização dos seguintes critérios microbiológicos ou histopatológicos para diagnóstico de doença pulmonar por MNT: isolamento em cultura, da mesma espécie de micobactéria em pelo menos duas amostras distintas de escarro, OU isolamento em cultura de micobactéria em pelo menos uma amostra de lavado bronco-alveolar, OU biópsia pulmonar transbrônquica ou a céu aberto evidenciando infiltrado granulomatoso e cultura positiva para MNT, OU biópsia pulmonar transbrônquica ou a céu aberto evidenciando infiltrado granulomatoso e uma ou mais culturas de escarro ou lavado broncoalveolar positivas para MNT.
A cultura permite, ainda, a realização de teste de sensibilidade aos antimicrobianos. Para as MNT a metodologia utilizada é a microdiluição em caldo e para MTB a metodologia é macrodiluição automatizada (MGIT - Bactec 960).

- Enviar o material para a Seção de Microbiologia em temperatura ambiente. Se refrigerado, pode ser enviado em até 72 horas.
- Quando material de fezes: amostra deve ser recente e sem conservador, sem refrigeração até 12 horas após coleta, com refrigeração até 72 horas após coleta.

Estabilidade da amostra:
Temperatura ambiente: 12 horas;
Refrigerado (2-8 °C): 72 horas.

- Seringa: encaminhar a seringa em saco plástico adequado para a Microbiologia a temperatura ambiente.

- Plantão noturno: idem. Manter a amostra refrigerada até enviar para a Microbiologia.

- Manter o material a temperatura ambiente até o envio para a Microbiologia.
- Encaminhar o material em saco plástico apropriado.

- Plantão noturno: Manter o material refrigerado e encaminhar a temperatura ambiente para a MIC.

- Líquidos ascítico, pleural, pericárdico, sinovial, peritoneal, bile e líquido de diálise.

- Manter o material a temperatura ambiente até encaminhar para a MIC.
- Encaminhar a seringa a temperatura ambiente para a Microbiologia em saco plástico apropriado.

- Plantão Noturno:
- Colocar em frasco Myco/F (max. 5mL). Centrifugar (3mL) 2200 g por 10min e fazer 2 lâminas do sedimento.

- Encaminhar a solução salina em que foi colocado o material clínico, em temperatura ambiente e em saco plástico para a Microbiologia.

- Plantão Noturno: idem.