I - Informações sobre o exame:
- Este exame consiste no sequenciamento completo de 2 genes (KIT e PDGFRA) a partir de amostras de tumor emblocadas em parafina, seguida de análise das variantes genômicas e interpretação dos dados clínicos e moleculares realizada por equipe especializada. O exame pode ser realizado em material obtido a partir de tecidos (blocos de parafina ou lâminas histológicas), sendo mais indicado na investigação de doença metastática ou localmente avançada ao diagnóstico, doença refratária às opções padronizadas de tratamento, amostra onde uma avaliação gradual não é possível devido à escassez de material.

II - Critérios de realização:
- Para a realização deste exame é necessária solicitação médica.
- É imprescindível que seja fornecida cópia do laudo anatomopatológico original da análise do material.
- Poderão ser aceitos os seguintes materiais:
- Fragmentos de tecido fixados em formalina 10% tamponada, embebidos ou não em parafina (enviar em temperatura ambiente);
- Lâminas de corte histológico (enviar em temperatura ambiente)
- Caso sejam enviadas somente lâminas para a análise, são necessárias no mínimo 16 (dezesseis) lâminas em branco (não coradas), não montadas; seção de 5µm de espessura, em porta-lâminas.

ATENÇÃO: Não serão aceitas lâminas com resina ou material fora das condições citadas acima.

- O tecido deve ter sido fixado previamente em formalina tamponada o mais rápido possível após a biópsia ou cirurgia. A fixação deve ser de, no mínimo, seis horas e, no máximo, 72 horas. A adoção de cuidados na coleta e na fixação da amostra garantem o sucesso do teste.
- Caso seja enviado fragmento de tecido sem análise prévia (biópsia), o material deverá ser submetido a exame anatomopatológico (abrir item ANATPATP ou ANATPATPTE) para confirmação do diagnóstico naquela amostra.
- É necessário que a amostra tenha células tumorais não necróticas presentes em quantidade superior a 20%.
- É importante salientar que o material enviado sempre será analisado por um médico patologista antes da realização do exame. Dessa forma, se o material enviado for insuficiente ou inadequado para o teste, o mesmo não poderá ser realizado.

Para saber sobre estes exames e como realizar, acesse:
https://www.fleurygenomica.com.br/

Enviar o material (lâminas, material no fixador - formalina 10% tamponada - ou blocos de parafina) à Seção de Anatomia patológica junto com cópia do laudo anatomopatológico original (quando o material não tiver sido analisado no Fleury) em temperatura ambiente.

As amostras tumorais fixadas serão avaliadas por médico patologista que fará a seleção da área tumoral representativa. Dez seções de cada tumor serão utilizadas para a extração do DNA. O protocolo segue um preparo inicial para a fragmentação das moléculas de DNA e inserção de adaptadores com indexes únicos. Em seguida, é realizada a etapa de enriquecimento das regiões de interesse por captura híbrida. A captura de toda a região codificante de 2 genes (KIT e PDGFRA) é realizada por meio de um painel customizado e, em seguida, sequenciada simultaneamente no equipamento NextSeq500 (Illumina). Os dados do sequenciamento são processados em um pipeline de bioinformática desenvolvido e validado internamente. As variantes são identificadas e filtradas nesse pipeline. Os resultados de cada caso são discutidos individualmente por uma equipe multidisciplinar composta por médicos patologistas moleculares, geneticistas e equipe técnico-científica para a confecção do laudo.

- O resultado será acompanhado de um relatório interpretativo

O teste avalia os genes KIT e PDGFRA, por meio do sequenciamento de nova geração. A avaliação de mutações no tecido tumoral permite a identificação de variantes preditivas de sensibilidade ou resistência a terapias-alvo, bem como direcionadoras do prognóstico. São avaliadas as seguintes alterações:
- alterações de nucleotídeo único (SNVs),
- pequenas inserções e deleções (INDELS)
- grandes amplificações e perdas gênicas (CNVs)
Aproximadamente 75% dos GISTs possuem mutações ativadoras no gene KIT, enquanto outros 10% têm mutações ativadoras no gene PDGFRA. Essas mutações resultam em proteínas que exibem ativação independente de ligante. Cerca de 5% a 10% dos GISTs parecem ser negativos para ambas as mutações KIT e PDGFRA (""wildtype ou selvagem""). A análise mutacional de KIT e PDGFRA é indicada no contexto clínico em que inibidores de tirosina quinase (TKIs) são considerados como parte do plano de tratamento, geralmente para doença irressecável ou metastática; mesmo para a doença primária ou inicial, a análise mutacional deve ser considerada para pacientes com tumores de alto risco. Mutações secundárias ou adquiridas podem estar associadas ao desenvolvimento de resistência tumoral no contexto do tratamento de longo prazo com mesilato de imatinibe. Geralmente são mutações pontuais que ocorrem mais comumente nos exons 13, 14 e 17 do KIT; entretanto a utilidade clínica dessas mutações secundárias deve ser considerada no contexto clínico do planejamento terapêutico, e não devem ser confundidas com as mutações iniciais ou primárias em GIST.
Os resultados são acompanhados por um laudo interpretativo.