PCR PAN-BACTERIANA E SEQUENCIMENTO, vários materiais, Vários Materiais

Orientações necessárias

Não é necessário preparo para este exame. O exame pode ser realizado em fluidos corpóreos normalmente estéreis, conteúdo de abscesso em sítio estéril ou fragmentos de tecido normalmente estéreis. Os fragmentos de tecido podem ser frescos ou embebidos em parafina (bloco de parafina). Fluidos corpóreos: líquor, humor vítreo, líquido pleural, líquido abdominal, líquido peritoneal, líquido ascítico, líquido pélvico, líquido sinovial, líquido pericárdico. Conteúdo de abscesso: - cerebral, hepático, pulmonar, mamário Fragmentos de tecido (fresco ou bloco de parafina): - osso, infonodo, articulação, válvula cardíaca, cérebro, fígado, pulmão.

Processamento e adequação da amostra

1. Fluidos corpóreos e conteúdo de abscesso: Tipo de material: líquor, humor vítreo, líquido pleural, líquido abdominal, líquido peritoneal, líquido ascítico, líquido pélvico, líquido sinovial, líquido pericárdico, abscesso cerebral, abscesso hepático, abscesso pulmonar, abscesso mamário Receber 1 ml do material em frasco estéril de tampa rosqueada. A amostra pode ser recebida refrigerada, mas deve ser congelada após o recebimento no laboratório. Estabilidade da amostra: Ambiente: Não Aceitável; Refrigerado: 14 dias; Congelado: 14 dias. 2. Bloco de parafina: Biópsias de osso, linfonodo, articulação, válvula cardíaca, cérebro,fígado, pulmão. Tipo de material: Bloco de parafina OU cortes de bloco de parafina Receber bloco de tecido fixado em formalina e embebido em parafina OU cinco (5) cortes de 10 micrômetros de espessura cada em tubos separados. Cada corte deverá ser acondicionado em um tubo separado. Estabilidade da amostra: Ambiente: 60 dias; Refrigerado: 60 dias; Congelado: não aceitável. 3. Tecido fresco (osso, infonodo, articulação, válvula cardíaca, cérebro, fígado, pulmão) Receber fragmentos de tecido com 5x5x5 mm e acondicionar em frasco ou tubo plástico estéril com tampa rosqueada. Não adicionar líquido ao tecido. Congelar imediatamente. Estabilidade da amostra: Ambiente: Não aceitável; Refrigerado: 14 dias; Congelado: 14 dias.

Método

Reação em Cadeia da Polimerase do Gene RNA Ribossômico 16S (PCR) seguida de Sequenciamento

Valor de referência

Não detectado

Interpretação e comentários

Culturas de pacientes com suspeita de infecção bacteriana envolvendo locais normalmente estéreis podem não fornecer crescimento bacteriano (incluindo micobacteriano) para identificação devido à presença de bactérias fastidiosas ou de crescimento lento ou como resultado de terapia antimicrobiana anterior. A amplificação por reação em cadeia da polimerase de uma porção do gene do RNA ribossômico 16S (rRNA) seguida de sequenciamento do produto amplificado pode ser usada para detectar ácidos nucleicos bacterianos (incluindo micobacterianos) nessas situações, permitindo um diagnóstico. Algumas amostras clínicas podem ter mais de uma espécie bacteriana presente ou a presença de variantes de cópia do gene 16S rRNA dentro de uma única espécie bacteriana, confundindo a análise de sequenciamento de Sanger. O sequenciamento de nova geração pode ser útil nesses casos. Amostras ideais são aquelas em que as bactérias (incluindo micobactérias) são visualizadas por microscopia. As válvulas cardíacas de pacientes com endocardite com coloração de Gram positiva são, por exemplo, especialmente adequadas. Um resultado positivo de reação em cadeia da polimerase (PCR)/sequenciamento indica que foi detectado ácido nucleico bacteriano do organismo especificado, o que pode ser devido a infecção bacteriana ou ácidos nucleicos ambientais ou contaminantes na amostra. Um resultado negativo de PCR/sequenciamento indica a ausência de ácidos nucleicos bacterianos (incluindo micobacterianos) detectáveis ??na amostra, mas não exclui resultados falso-negativos que podem ocorrer devido a erro de amostragem, variabilidade de sequência subjacente aos primers, presença de ácidos nucleicos bacterianos em quantidades inferiores ao limite de detecção do ensaio, ou inibição de PCR. Este teste não detecta microrganismos não bacterianos (por exemplo, vírus, fungos, helmintos, protozoários), mas detecta micobactérias.

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