I Exame:
Este exame consiste no sequenciamento e avaliação de regiões de fusões de 50 genes a partir de amostras de tumor emblocadas em parafina, seguida de análise das variantes genômicas por meio de inteligência artificial e interpretação dos dados clínicos e moleculares realizados por equipe especializada. O exame tem como finalidade apoiar a orientação diagnóstica, trazendo informações sobre a presença de variantes preditivas de sensibilidade ou resistência a terapias alvo, bem como referências sobre ensaios clínicos relacionados ao perfil genético do tumor. O exame pode ser realizado em material obtido a partir de tecidos (blocos de parafina ou lâminas histológicas), sendo indicado na investigação de doença metastática ou localmente avançada ao diagnóstico, doença refratária às opções padronizadas de tratamento, tumores raros, tumores de origem primária desconhecida, tumores sólidos nos quais uma avaliação gradual não é possível devido à limitação de amostras.

II Critérios de realização:
Para a realização deste exame é necessário solicitação médica.
É imprescindível que seja fornecida cópia do laudo anatomopatológico original da análise do material.
Poderão ser aceitos os seguintes materiais:
Fragmentos de tecido fixados em formalina 10% tamponada, embebidos ou não em parafina (enviar em temperatura ambiente);
Lâminas de corte histológico (enviar em temperatura ambiente)
Caso sejam enviadas somente lâminas para a análise, são necessárias no mínimo 16 (dezesseis) lâminas em branco (não coradas), não montadas; seção de 5µm de espessura, em portalâminas.

ATENÇÃO: Não serão aceitas lâminas com resina ou material fora das condições citadas acima.

O tecido deve ter sido fixado previamente em formalina tamponada o mais rápido possível após a biópsia ou cirurgia. A fixação deve ser de, no mínimo, seis horas e, no máximo, 72 horas. A adoção de cuidados na coleta e na fixação da amostra garantem o sucesso do teste.
Caso seja enviado fragmento de tecido sem análise prévia (biópsia), o material deverá ser submetido a exame anatomopatológico para confirmação do diagnóstico naquela amostra.
É necessário que a amostra tenha células tumorais não necróticas presentes em quantidade superior a 20%.
É importante salientar que o material enviado sempre será analisado por um médico patologista antes da realização do exame. Dessa forma, se o material enviado for insuficiente ou inadequado para o teste, o mesmo não poderá ser realizado.

Para saber sobre estes exames e como realizar, acesse:
https://www.fleurygenomica.com.br/

Enviar o material (lâminas, material fresco ou blocos de parafina) à Seção de Anatomia patogênica junto com cópia do laudo anatomopatológico original (quando o material não tiver sido analisado no Fleury) em temperatura ambiente.

As amostras tumorais fixadas serão avaliadas por médico patologista que fará a seleção da área tumoral representativa. Dez seções de cada tumor serão utilizadas para a extração de RNA. O protocolo segue um preparo inicial para a fragmentação das moléculas de RNA e inserção de adaptadores com indexes. Em seguida, a molécula de RNA é enriquecida nas regiões de interesse por captura híbrida. A captura das regiões de fusões de 50 genes é realizada por meio de um painel customizado e, em seguida, sequenciada no equipamento NextSeq500 (Illumina). Os dados do sequenciamento são processados em um pipeline de bioinformática desenvolvido e validado internamente. As variantes identificadas e filtradas nesse pipeline passam por uma anotação gênica que utiliza a inteligência artificial IBM Watson for Genomics. Os resultados de cada caso são discutidos individualmente por uma equipe multidisciplinar composta por médicos patologistas moleculares, geneticistas e equipe técnicocientífica para a confecção do laudo.

O resultado será acompanhado de um relatório interpretativo

A avaliação de mutações no tecido tumoral permite a identificação de variantes preditivas de sensibilidade ou resistência a terapiasalvo, bem como direcionadoras do prognóstico, de acordo com o tumor avaliado. O teste avalia regiões de fusões de 50 genes, por meio do sequenciamento de nova geração
Os resultados são acompanhados por um laudo interpretativo, com dados que incluem as alterações identificadas, as associações terapêuticas descritas e potenciais ensaios clínicos.

Lista dos 50 genes principais para análise de fusões

ABL1 AKT3 ALK AXL ARID1A BRAF EGFR ERG ESR1 ETV1 ETV4 ETV5 ETV6 EWSR1 FGFR1 FGFR2 FGFR3 FUS JAK2 KIF5B KMT2A MAST1 MAST2 MET MSH2 MYH11 NOTCH1 NOTCH2 NR4A3 NRG1 NTRK1 NTRK2 NTRK3 PAX3 PBX1 PDGFRA PDGFRB PIK3CA PPARG RAF1 RARA RET ROS1 RSPO2 RSPO3 RUNX1 TAF15 TERT TFE3 TMPRSS2

As fusões envolvendo os 50 genes principais podem ocorrer com diferentes genes parceiros. Abaixo encontrase a lista dos 209 genes parceiros:

ABI1 ABI2 ACSL3 ACTL6A ACTN4 AFAP1 AFF1 AFF3 AFF4 AGTRAP AKAP9 ANO10 ARHGAP26 ARHGEF12 ASPSCR1 ATF1 ATIC BAG4 BAIAP2L1 BCR BICC1 BTBD1 BTBD18 C2orf44 C8orf34 CANT1 CAPZA2 CARS CASC5 CASP7 CASP8AP2 CBFB CBL CCAR2 CCDC170 CCDC6 CD74 CEP170B CEP89 CIT CLCN6 CLIP1 CLTC CREB1 CREBBP DAB2IP DAZL DCTN1 DDIT3 DDX5 EIF3E ELL EMC2 EML4 EP300 EPCAM EPS15 ERC1 ERLIN2 ESRP1 EZR FAM131B FCHSD1 FEV FIP1L1 FLI1 FN1 FNDC3B FOXO1 FOXO3 FOXO4 FRYL GABBR2 GAS7 GATM GNAI1 GOLGA4 GOLGA5 GOPC GPBP1L1 GPHN HACL1 HERPUD1 HIP1 HLAA HNF4G HNRNPA2B1 HOOK3 IRF2BP2 ITPR2 KAT6A KIAA1524 KIAA1549 KIAA1598 KLC1 KLK2 KTN1 LASP1 LMNA LPP LRIG3 LSM14A MAGI3 MAPRE1 MBIP MKRN1 MLLT1 MLLT10 MLLT11 MLLT3 MLLT4 MLLT6 MN1 MSN MYO1F MYO5A NACC2 NCKIPSD NCOA1 NCOA2 NCOA4 NDRG1 NFATC1 NFATC2 NFIA NFIX NONO NOP2 NPM1 NUP214 OFD1 OXR1 P2RY8 PAN3 PATZ1 PAX8 PCDH11X PCM1 PDS5A PICALM PLAG1 PML POU5F1 PPFIBP1 PRCC PRKAR1A PTPRK PTPRZ1 PURB PVT1 PWWP2A QKI RAD51 RANBP2 RBPMS RNF130 RUNX1T1 SARNP SDC4 SEC16A SEC22B SEC31A SEPT14 SEPT2 SEPT5 SEPT6 SEPT9 SFPQ SH3GL1 SLC34A2 SLC45A3 SMARCA5 SND1 SORBS2 SP3 SQSTM1 SRGAP3 STRN TACC1 TACC3 TADA2A TBL1XR1 TCF12 TCF3 TET1 TFG TOP3A TP53 TP63 TPM3 TPM4 TRAF2 TRIM24 TRIM27 TRIM33 TRIM63 TRIO VCL WT1 YAP1 YY1 ZCCHC8 ZFYVE19 ZNF384 ZNF444 ZNF700 ZNF703 ZNF710 ZSCAN30