Novo exame do Fleury identifica variantes de preocupação do Sars-CoV-2, incluindo a ômicron

O Fleury incorporou, em sua rotina, a pesquisa de mutações no gene Spike (S) do Sars-CoV-2, um exame capaz de identificar as principais alterações genéticas que definem as variantes declaradas pela Organização Mundial da Saúde (OMS) como de preocupação.

O novo teste baseia-se no sequenciamento completo desse gene por meio da extração do RNA viral de amostras obtidas do trato respiratório, seguida de transcrição reversa, amplificação da região-alvo e sequenciamento de próxima geração (NGS). A seguir, a análise contempla o alinhamento da sequência obtida com a de uma linhagem de referência, o que permite a detecção das mutações presentes e a determinação da variante – incluindo a ômicron, recentemente identificada – com o uso de um banco de dados público especializado.

O método foi desenvolvido e validado na área de Pesquisa & Desenvolvimento do Fleury, conforme as mais recentes publicações e recomendações das agências públicas de saúde que monitoram a evolução genômica do Sars-CoV-2. Os dados do sequenciamento são reportados de acordo com parâmetros de qualidade definidos durante a validação, na qual o teste conseguiu identificar a variante presente em 100% das amostras com resultado prévio de RT-PCR com carga viral relativamente alta, isto é, em que o vírus foi detectado antes ou durante o ciclo de número 25 do protocolo de PCR (Ct ≤25).

Vale lembrar que o exame não substitui a RT-PCR para o diagnóstico de Covid-19. Ao contrário, só deve ser realizado em pessoas que tenham diagnóstico confirmado previamente, de preferência pelo teste molecular – se este tiver sido realizado no Fleury, a mesma amostra pode ser utilizada para o sequenciamento no período de 15 dias, dispensando nova coleta.

Nas amostras positivas para Sars-CoV-2, a pesquisa de mutações é possível apenas em casos com Ct ≤25, embora possa ser executada, ainda que com menor chance de sucesso, em amostras com Ct de até 30. Já o material colhido para testes de antígeno ou molecular do tipo isotérmico não pode ser empregado nessa análise. Para a coleta do teste no Fleury, é necessário fazer o agendamento por meio dos canais de relacionamento.

Para solicitar o exame em amostras já colhidas, o paciente deve comparecer a uma unidade  e pedir a inclusão da pesquisa de mutações, portando documento de identificação e informando a data da coleta da RT-PCR. Informações mais detalhadas podem ser obtidas na Central de Atendimento ao Cliente. O teste também está disponível para os hospitais parceiros e laboratórios clientes do Fleury, tendo prazo de liberação de resultados de dez dias úteis. Por enquanto, o exame não tem cobertura de convênios.

Como solicitar?

- Pesquisa de mutações de Sars-CoV-2
- Pesquisa de variantes do Sars-CoV-2
- Sequenciamento do gene Spike de Sars-CoV-2
- Pesquisa de variante (alfa/beta/gama/delta/ômicron) do Sars-CoV-2

Como surge uma variante de preocupação

Novas variantes de Sars-CoV-2 surgem a todo momento, visto que se trata de um vírus RNA com alta taxa de replicação, o que naturalmente implica grande quantidade de mutações aleatórias durante sua transmissão sustentada e circulação contínua. Nem todas as alterações acarretam mudança de comportamento do vírus, tampouco lhe conferem alguma vantagem adaptativa. Contudo, em virtude do acúmulo de mutações em locais com transmissão intensa e às pressões seletivas determinadas pelo aumento da proporção de pessoas naturalmente imunizadas por infecção prévia, surgem variantes com melhor adaptação ao hospedeiro, por apresentarem maior capacidade de replicação – resultando em excreção viral mais abundante –, maior transmissibilidade e mecanismos mais eficientes de evasão da resposta imune.

No estudo da evolução do novo coronavírus, rapidamente se constatou que as mutações que dão ao agente maiores vantagens adaptativas e consequentes mudanças epidemiológicas mais significativas na Covid-19 são as que ocorrem no gene S. Esse gene codifica a spike, a proteína de superfície viral que se liga aos receptores na membrana celular e permitem que o vírus invada a célula, consumando a infecção. Essas mutações induzem mudanças na estrutura espacial da proteína, aumentando sua afinidade por receptores-alvo e afetando a capacidade de anticorpos neutralizantes previamente sintetizados – seja por infecção pregressa, seja por vacinação – a reconhecerem.

Tais alterações trazem sérias preocupações, uma vez que podem aumentar a transmissão do vírus para indivíduos suscetíveis, facilitar as reinfecções e diminuir a efetividade das vacinas disponíveis, elevando rapidamente o número de casos nas regiões em que a variante circula e acarretando consequências importantes para os sistemas de saúde locais. Ademais, são capazes de interferir na eficácia de medicamentos antivirais que envolvem a spike em seu mecanismo de ação ou que se baseiam em anticorpos monoclonais que bloqueiam a infecção por meio de neutralização da proteína.

A fim de permitir o monitoramento do surgimento e do comportamento dessas variantes de maneira uniforme nos diversos países, a OMS criou uma classificação operacional com as definições de variante de interesse (VOI) e variante de atenção/preocupação (VOC).

Segundo essa classificação, uma VOI do Sars-CoV-2 é uma variante com mutações genéticas sobre as quais se prevê ou se conhece a capacidade de afetar as características do vírus, como transmissibilidade, gravidade da doença, escape imunológico, escape diagnóstico ou terapêutico e que foi identificada como causadora de transmissão significativa na comunidade ou de múltiplos clusters de Covid-19 em vários países com prevalência relativa crescente, juntamente com o aumento do número de casos ao longo do tempo ou com outros impactos epidemiológicos aparentes para sugerir um risco emergente para a saúde pública global.

Uma VOC, por sua vez, além de preencher os critérios acima descritos, demonstra, por meio de uma avaliação comparativa, estar associada a uma ou mais das seguintes alterações em um determinado grau de importância para a saúde pública global: aumento da transmissibilidade ou alteração prejudicial na epidemiologia da Covid-19 ou aumento da virulência ou mudança na apresentação clínica da doença ou diminuição da eficácia das medidas preventivas sociais e de saúde pública ou de métodos diagnósticos, de vacinas e de recursos terapêuticos disponíveis.

Para esse monitoramento, a OMS mantém um grupo independente de especialistas que acompanha a evolução do Sars-CoV-2 e avalia periodicamente se mutações específicas e combinações de mutações alteram o comportamento do vírus.

Ômicron, a nova VOC 

Esse grupo técnico foi convocado em 26 de novembro de 2021 para avaliar a variante B.1.1.529, notificada à OMS pela África do Sul dois dias antes e confirmada pela primeira vez em uma amostra coletada em 9 de novembro de 2021. O país relatou ainda que, semanas antes, o número de casos de Covid-19 em seu território havia aumentado abruptamente, coincidindo com a detecção da variante.

A B.1.1.529 apresenta um grande número de mutações, algumas das quais preocupantes. A evidência preliminar sugere um risco aumentado de reinfecção, em comparação com outras. Usando uma abordagem baseada em triagem por PCR seguida de sequenciamento, essa variante foi detectada em taxas mais rápidas do que em surtos anteriores de infecção, sugerindo que pode ter uma vantagem de propagação.

Com base nos dados apresentados, que indicam uma alteração prejudicial na epidemiologia da Covid-19, o grupo de especialistas aconselhou a OMS a designar a variante como VOC, o que a entidade acatou, denominando-a pela letra grega ômicron. A seguir, a OMS solicitou aos países as seguintes providências:

• Aprimorar a vigilância e os esforços de sequenciamento para compreender melhor as variantes circulantes do Sars-CoV-2.
• Enviar sequências completas do genoma e metadados associados a um banco de dados disponível publicamente, como o Gisaid.
• Relatar casos/grupos iniciais de infecção pela VOC por meio do mecanismo do Regulamento Sanitário Internacional.
• Realizar investigações de campo e avaliações laboratoriais, desde que haja capacidade e em coordenação com a comunidade internacional, para melhorar a compreensão dos impactos potenciais da VOC na epidemiologia, na gravidade, na eficácia das medidas de saúde pública e sociais de prevenção, nos métodos de diagnóstico, na resposta imunológica, na atividade dos anticorpos neutralizantes naturais ou vacinais ou em outras características relevantes.

A população deve ser novamente orientada a tomar medidas para reduzir o risco de Covid-19, incluindo aquelas com eficácia comprovada de saúde pública e sociais, como uso de máscaras bem ajustadas, higiene das mãos, distanciamento físico e melhoria da ventilação de espaços internos, além de evitar espaços lotados e procurar por vacinação.

A ômicron tem, pelo menos, 21 mutações que não haviam sido descritas anteriormente nas demais VOC, além de albergar praticamente todas as que definem as variantes que a precederam. As mais importantes para a mudança de comportamento do vírus são aquelas que ocorrem no gene codificador da proteína spike.

O comportamento epidemiológico da Covid-19 na população sul-africana nas últimas semanas já traz elementos que sugerem fortemente que a nova variante seja mais transmissível, até mesmo que a delta. Aparentemente, consegue com alguma facilidade causar reinfecções e até mesmo infecções em pessoas vacinadas. Por outro lado, não há evidências de que provoque doença mais grave – ao contrário, os casos descritos têm sido leves, especialmente nos completamente vacinados. Seu surgimento, portanto, deve suscitar monitoramento e preparação do sistema público de saúde, contudo sem viés alarmista: a principal medida para evitar o aumento de hospitalizações e mortes é, indubitavelmente, a ampla vacinação da população, incluindo doses de reforço.

Glossário da evolução do Sars-CoV-2

Os termos utilizados em referência às alterações sofridas pelo Sars-CoV-2 ao longo de sua evolução muitas vezes se confundem, especialmente na imprensa não especializada. Veja, a seguir, algumas definições de termos frequentemente utilizados.

• Mutação: um erro introduzido durante a replicação viral. Sem testes experimentais, não sabemos que efeito tem sobre o vírus: pode levar a melhores resultados (por exemplo, diminuir sua transmissibilidade), piores (por exemplo, aumentar sua virulência) ou nulos (por exemplo, não criar características que diferem o vírus mutado do original).
• Substituição: fenômeno em que um nucleotídeo é substituído por outro. Em uma substituição sinônima, isso não altera a sequência de aminoácidos da proteína viral, enquanto em uma não sinônima, a substituição altera um códon, o que pode afetar a função da proteína.
• Deleção: um ou mais nucleotídeos são deixados de fora da sequência genética durante a replicação, o que pode causar a remoção de um códon inteiro (aminoácido) da proteína ou uma mutação de “deslocamento de quadro” (frame-shifting), que faz com que todos os códons subsequentes também sejam alterados.
• Inserção: um ou mais nucleotídeos extras são adicionados à sequência genética.
• Variante: um genoma que contém um determinado conjunto de mutações. 
• Variante de preocupação (VOC): variante associada a, pelo menos, um dos seguintes fatores – aumento da transmissibilidade ou alteração prejudicial na epidemiologia da Covid-19 ou aumento da virulência ou mudança na apresentação clínica da doença ou diminuição da eficácia das medidas sociais e de saúde pública ou de métodos diagnósticos, vacinas ou recursos terapêuticos disponíveis.
• Variante de interesse (VOI): variante fenotipicamente alterada em comparação com um isolado de referência ou com um genoma com mutações que levam a alterações de aminoácidos relacionadas a implicações fenotípicas estabelecidas ou suspeitas (incluindo epidemiologia, antigenicidade ou virulência ou, ainda, alterações que potencialmente causem impacto negativo sobre os métodos diagnósticos disponíveis, vacinas, recursos terapêuticos ou medidas sociais e de saúde pública) e que tenha sido implicada em transmissão comunitária/múltiplos casos/clusters de Covid-19 ou, então, detectada em vários países.
• Variante sob monitoramento (VUM): variante que está sendo monitorada por uma agência de saúde pública para verificar se preenche os critérios de uma VOC ou VOI. O termo pode ser usado para variantes que foram anteriormente designadas como VOC ou VOI, porém rebaixadas pelas agências de saúde pública com base em dados recentes.
• Linhagem: todos os descendentes de um ramo de uma árvore filogenética. Dentro de uma linhagem, pode haver mutações adicionais que revertem algumas mudanças ou acumulam novas.
• Cepa: genoma viral que possui propriedades distintas e causa uma resposta imunológica específica.
• Árvore filogenética: “árvore genealógica” que mostra como as mutações estão relacionadas entre si com base na análise da sequência genômica do vírus. Usada para determinar linhagens, entender como as cepas de vírus se relacionam e rastrear como, quando e onde as mutações se originaram. Quando as mesmas mutações aparecem em duas variantes, isso pode significar que ambas derivam da mesma linhagem parental ou que esteja ocorrendo evolução convergente.
• Evolução convergente: sob uma pressão evolutiva seletiva, duas variantes de um vírus aparecem com a mesma mutação, aleatoriamente, sem que os casos sejam conectados. Isso sugere que as alterações genéticas sofridas visam a melhorar a aptidão biológica.
• Prevalência aparente: a proporção das sequências contendo a mutação, variante ou linhagem em relação a todas as sequências coletadas desde a identificação da mutação, variante ou linhagem em um local.

Fonte: https://outbreak.info/situation-reports/caveats#variant

*Pode ser feito na mesma amostra da RT-PCR, se realizada no Fleury, até 15 dias após a coleta.

Consultoria médica

Dra. Carolina dos Santos Lázari
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Dr. Celso Granato
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